Emily i Nick konačno su ponovno s Flynnom u Bostonu, ali prijetnja Elliotova biološkog oružja još uvijek visi u zraku. Emily pribjegava drastičnim mjerama i donosi opasnu odluku kako bi zajamčila sigurnost svoje obitelji.
Dok Nick i Emily rade na oslobađanju izbjeglica iz Meridianova logora, Emily je uhvaćena. Gunnarsen i Crown usmjeravaju se prema pomoćniku ravnatelja Webba kao špijunu agencije, dok se Cal suočava s Armstrongom.
Emily spašava Nicka, i zajedno smišljaju plan oslobađanja izbjeglica iz Meridianovog logora. U međuvremenu se Cal, pretvarajući se da je stražar Meridiana, infiltrirao u logor. Nakon ubojstva Thompsona, Crown i Gunnarsen otkrivaju tragove koji upućuju na iznenađujućeg osumnjičenika.
Emily posljednji put pokušava zamijeniti ukradene informacije od Kaja za Nickov život, ne znajući da je Nick hrabro pokušao pobjeći. Webb preuzima potragu za Nickom. U međuvremenu, potraga za špijunom u FBI-u ima visoku cijenu za jednog agenta. Duhovi iz Calove prošlosti povezane s Meridianom natjeraju Emily da posumnja u njegovu odanost.
Cal se povezuje s Emily u Njemačkoj, i zajedno tragaju za Jerichom, gdje Nicka, uvjereni su, drže. Gunnarsen i Crown proglašavaju primirje i odlučuju surađivati kako bi pronašli špijuna. Nickovi otmičari pribjegavaju čistom mučenju kako bi ga natjerali da otkrije ključ za dešifriranje.
Emily leti s Dawkinsom u Berlin kako bi zamijenila ukradene datoteke za Nicka, ne otkrivajući mu da nema ključ za dešifriranje. Povezuje se sa starim prijateljem iz Quantica kako bi saznala više o Meridianu, zatočenicima Nicka. U međuvremenu, pod utjecajem lijekova i vlastitog osjećaja krivnje, Nick vidi Alicu. U FBI-u, Crown je uvjeren da postoji špijun, pa pokreće vlastitu istragu. Cal se javlja starim kontaktima u Berlinu kako bi pronašao Meridian i Emily.
Emilyn zahtjev da FBI krene za Nickom nailazi na otpor, što je potiče da pokrene riskantan plan koji je dovodi licem u lice s čovjekom koji ju može odvesti do Nicka. U međuvremenu, negdje u Europi, Nick je drogiran i psihički mučen, otkrivajući svoju potisnutu krivnju i nesigurnosti kao agent FBI-ja, suprug i otac.
FBI identificira glavnog osumnjičenika za Nickovu otmicu, Colina Dawkinsa, ali ga ne mogu pronaći. U međuvremenu, Emily čini sve da zaštiti Kaja, te zajedno smišljaju plan kako uhvatiti Dawkinsa i locirati Nicka.