U devetoj će sezoni ove uspješne serije gledatelji upoznati nekoliko novih povremenih gostujućih zvijezda, ponajprije dr. Samanthu Ryan, za koju je Gibbs zainteresiran.

Do kraja sezone Navy CIS i mornarica naći će se pod prijetnjom novog opasnog neprijatelja: direktor osiguravajuće kuće Harper Dearing postao je terorist jer mu je sin poginuo u požaru na mornaričkom brodu. Želi se osvetiti mornarici što nije riješila problem koji je doveo do požara i nije popravila brodove koji su imali isti problem. Također, ljut je na Navy CIS jer njegov sin ne bi bio na brodu da ga oni nisu premjestili.

Dearing se uspio domoći snažnih eksploziva i počeo je postavljati požarne bombe po mornaričkim brodovima. Međutim, prema kraju sezone, odlazi korak dalje: otima direktora Vancea. Navy CIS ga brzo pronalazi, no pokazuje se da je Dearing samo trebao Vancea zbog njegova auta. Uspio je staviti eksploziv u sjedalo kako bi Vance ne znajući dostavio autobombu Navy Yard.

Malo je nedostajalo da Gibbs to prekasno uvidi: bomba je detonirana, pri čemu je nastala velika šteta na zgradi NCIS-a i ubijeno je i ozlijeđeno mnogo ljudi. Sudbina Gibbsa, Tonyja, McGeeja, Abby, Zive i Vancea ostala je nepoznata. Kad je Ducky čuo za napad, doživio je srčani udar na plaži u Miamiju.